your diary漫畫 ，長峰智希（ながみね ともき）是就讀於風見坂學園的2年生。因為父母在海外工作的關系，而寄住在瞭青梅竹馬深菜川夕陽（みながわ ゆうひ）的傢裡。每日過著平穩的校園生活，圖書委員會的工作和在夕陽傢經營的咖啡店“夕顏亭”中幫忙成瞭放學後的必修功課。然後某日。智希暗戀的前輩兼圖書會委員長綾瀬紗雪（あやせ さゆき）向其推薦瞭一本書，於是智希來到瞭坐落於商業街邊的舊書店“風鈴堂”。果然如智希所料，和冷清的店面一樣，店內也是潮氣撲鼻，臟乎乎的書架上放著積滿灰塵的書。雖說是如此，但是就算現在就調頭離開的話，心情也不會好轉，於是開始尋找自己所需的那本書。在四處張望之時，無意中發現瞭一本書。這是一本書脊上寫著“your diary”字樣的舊書。智希不可思議地被這本書所吸引，順手拿起，慢慢翻開瞭封面――隨著迸發出的柔和光芒，一個女孩子隨之躍出……“你是ゆあ的新朋友嗎？”隨著和這個自稱為神的名為ゆあ的不可思議少女的邂逅，智希身邊三個女孩子本已停止的命運之輪又開始轉動瞭……伴隨著這空白的日記本――