本作與本篇不同，是以禦坂美琴為主角的漫畫。此外，愛慕美琴的白井黑子也是主角之一。故事發生在面積占據東京都的三分之一，居住著230萬名人口，其中八成人口是學生的巨大都市。學院都市和外部隔離，研究最尖端科技。所有學生都接受超能力開發，並大都借由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力，以范圍和威力分為無能力者（LV0）、低能力者（LV1）、異能力者（LV2）、強能力者（LV3）、大能力者（LV4）、超能力者（LV5）。每隔一定時間會進行身體檢查，重新測定一次。女主角禦坂美琴是就讀於學園都市名門貴族女校“常盤臺中學”的十四歲少女。在學園都市中隻有七人的等級五超能力者排行第三。擁有操縱電擊的能力，因此被稱為“電擊使”。本作不但通過美琴的視角來描繪學園城市的日常生活，也敘述瞭學園城市秘密進行地有非人道性質的關於“妹妹們”（Sisters）的實驗，從而使大傢對於本作及本篇魔法禁書目錄的背景（世界觀）的認識也慢慢變得清楚。