西元21XX年，是個人類以及擁有人類思考能力的思考型機器人兩者和平共存、繁榮的世界。在這世界上有兩個大型組織，分別為處理電子頭腦故障的思考型機器人組織非正規品獵人，以及為瞭應對大規模災害可迅速處理，以思考型機器人組成的軍隊仲裁部隊。兩大組織到目前為止，一直維持著互相合作、協力執行各種任務的友好關系。某日，空中都市“蔚藍海灘”遭到巨大非正規品攻擊，失速墜毀並造成極大傷亡。當時仲裁部隊的人員在場，被懷疑與事件有關。在此情況下，非正規品獵人要求仲裁部隊指揮官－－卡尼爾投降接受調查，但遭到卡尼爾以軍人的自尊為理由回絕。在這之後，持有龐大軍力的仲裁部隊領導者－－將軍突然宣佈發動軍事政變，並占據世界各地。非正規品獵人司令部因此將仲裁部隊全體判定為非正規品，命令艾克斯與傑洛出擊。